L’organisation des Black Templars diffère de celle des autres Chapitres car elle ne suit pas les préceptes du Codex Astartes sur plusieurs points, notamment le recrutement, l’entraînement et le déploiement des Frères de Bataille. La majorité des Black Templars (nommés Initiés) est organisée en Escouades de Croisés, ces dernières formant l’ossature de chaque force de frappe. Beaucoup de ces escouades ont l’honneur d’être menées au combat par un membre des Frères d’Épées, un vétéran dont le courage et le talent martial incitent les Initiés à se dépasser. Chaque Escouade de Croisés est composé de Marines Tactiques et de Néophytes. Ceux équipés de Lance-Flammes ont également la capacité Ignore les Couverts.